La bonne façon de cloner un disque avec virtualbox est d'utiliser vboxmanage.

VBoxManage clonehd foo.vdi --existing bar.vdi

Si vous obtenez une erreur du genre:

ERROR: Cannot register the hard disk '/virtual/foo.vdi' with UUID {6dce8ec5-1a90-43ac-ad9b-f03dc2fc822d} because a hard disk '/virtual/foo.vdi' with UUID {6dce8ec5-1a90-43ac-ad9b-f03dc2fc822d} already exists in the media registry…

Il faut juste spéficier les chemins absolus:

VBoxManage clonehd /virtual/foo.vdi --existing /virtual/bar.vdi